Палеонтологический музей (Paläontologisches Museum) рассказывает и о возникновении и развитии жизни на Земле, наглядно иллюстрируя различные научные теории. Фонд музея, насчитывающий более 1,7 миллиона экспонатов, найденных на территории Баварии при археологических раскопках, формировался в течение последних более 250 лет. Окаменелости растений и животных разных эпох, скелеты доисторических животных представлены в разделах постоянной экспозиции: «Геология», «Палеоботаника», «Беспозвоночные», «Млекопитающие», «Микропалеонтология», «Рыбы и амфибии», а также «Рептилии и птицы».